„Rascal Does Not Dream of Bunny Girl Senpai“ erzählt die Geschichte des Oberschülers Sakuta Azusagawa, der mit einer Reihe ungewöhnlicher Phänomene konfrontiert wird, die als „Pubertäts-Syndrom“ bezeichnet werden. Diese mysteriösen Ereignisse manifestieren sich auf unterschiedliche Weise, von unsichtbaren Menschen bis zu körperlichen Veränderungen, und scheinen mit den emotionalen Belastungen der Betroffenen zusammenzuhängen.